El estado Mérida cuenta con dos vertientes: la del Caribe a través del lago de Maracaibo y la del Atlántico, por las aguas que van al Orinoco. En la primera destaca la cuenca del Chama. En ella, así como en las cuencas que drenan al sur del lago, se presentan lagunas formadas por efectos de los glaciares, debido a que en la segunda mitad del terciario las cumbres fueron cubiertas por las glaciaciones de la era cuaternaria y posteriormente, al retirarse los glaciares se originaron varias de estas lagunas. Destacan entre ellas la laguna de Mucubají, laguna Negra, laguna Verde, laguna Urao y laguna Santo Cristo.

En el estado se genera cerca del 10% de las aguas que se producen al norte del Orinoco, las cuales escurren a través de los ríos Chama, Santo Domingo, Motatán, Torondoy, Capaz, Tucaní, Uribante, Caparo, Acequias, Bumbún y Socopó, cursos que drenan hacia la costa sureste del lago de Maracaibo y los altos llanos occidentales.